Το Διοικητικό Συμβούλιο ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων. Το Δ.Σ. είναι όργανο χάραξης πολιτικής του Ιδρύματος και εγκρίνει  το κοινωνικό, επιστημονικό, ερευνητικό και αναπτυξιακό του πρόγραμμα, την πολιτική του, καθώς και τον ετήσιο προϋπολογισμό και απολογισμό του Ιδρύματος. Επίσης μπορεί να ελέγχει απολογιστικά τις πράξεις κάθε οργάνου του Ιδρύματος.